Historie canyoningu se začala psát ve 2. polovině 19. století. Jedním z prvních lidí který se o to zasloužil byl nadšený speleolog a hydrogeolog, označovaný za otce francouzské speleologie - Edoard Alfred Martel.
Tento speleolog, který se zabýval průzkumem jeskyní a podzemních řek, na konci 19. století poprvé sestoupil do celé řady v té době neprozkoumaných kaňonů v Provensálsku a v oblasti Přímořských Alp. Byl prvním člověkem, jemuž se podařilo v roce 1905 během třídenní expedice prostoupit podstatnou částí kaňonu řeky Verdon v Horní Provence. S průzkumem tohoto kaňonu začal už v roce 1896 jiný Francouz - Armand Janed a prostup úplně celým kaňonem Verdonu byl dokončen až v roce 1925 (některé zdroje uvádějí 1928). V souvislosti s počátky canyoningu v Evropě je známá celá řada francouzských a španělských jmen. Téměř všechna patří speleologům. Kromě Martela a Janeda je to např. Louis Armand, který více než 20 let doprovázel Edoarda Martela na jeho canyoningových výpravách. Z dalších jmen je to například horolezec, „pyreneista“ a fotograf Lucien Briet, který na konci 19. století začal s průzkumem kaňonů v oblasti Sierra Guara ve španělské Aragonii. Za průkopníky canyoningu by mohla být považována celá řada Francouzů, Španělů, Italů a v poslední době i Němců. Mezi ně patří například Jacques Moreau, Cazales Dubosq, z nedávné historie Robert de Joly a nebo Pierre Minvielle, který v roce 1977 vydal v mnichovském nakladatelství Verlag knihu popisující kromě 92 horských tůr poprvé v historii i 9 prostupů různými kaňony.

V prvopočátcích canyoningu byl prostup kaňony poměrně velmi náročnou a drsnou záležitostí. V té době neexistovaly takové technické vymoženosti jako jsou např. expanzní nýty, horolezecké karabiny, slaňovací pomůcky, moderní lana z umělých vláken, horolezecké přilby, neoprenové obleky atd. V době těžkých konopných lan, provazových žebříků, železných kovaných skob, v době, kdy Hans Dülfer objevoval svůj způsob slaňování, později označovaný jako "Dülferův sed" a v době, kdy nejlepší ochranou proti chladu bylo pouze vlněné oblečení, byl celodenní, nebo dokonce několikadenní prostup kaňonem skutkem opravdu obdivuhodným.

Canyoning jako specifická outdoorová sportovní aktivita začal být vnímán zhruba před 30 lety - tzn. někdy kolem r. 1980. V té době nastal jeho prudký rozvoj. Bylo to především díky technickým vymoženostem jako jsou neoprenové obleky, moderní horolezecká a speleologická lana, slaňovací pomůcky atd. Tyto technické prostředky umožňovaly zvládnout do té doby nepřekonatelné překážky a canyonyng přestával být krajně rizikovou a obtížnou záležitostí. Začal si získávat širokou popularitu. Ve Francii, Španělsku, Itálii, Německu a v dalších státech začaly vznikat canyoningové asociace - v některých zemích v rámci národních speleologických organizací, jinde jako samostatné organizace sdružující zájemce o canyoning (Španělsko 1989, Francie 1992, Itálie 1999).

Canyoning se také brzy stal sportem provozovaným komerčně a začala se mu věnovat celá řada lidí na profesionální úrovni. V roce 1995 proto vznikla asociace profesionálních průvodců canyoningu - Evropská komise canyoningu (C.E.C.).

V České republice byl canyoning až do 90. let minulého století téměř zcela neznámým pojmem. Po pádu komunistického režimu začali čeští speleologové, horolezci a vodáci cestovat do míst, která do té doby navštěvovali jen výjimečně. V mnoha outdoorových časopisech a později i na internetu se začaly objevovat články a informace o novém sportu, s kterým se do té doby seznámil jen málokdo. Nadšeně popisovaly prostupy kaňony ve Španělsku v pohoří Sierra Guara, ve Francii v oblasti Vercors i jinde. Češi postupně objevili nový sport - canyoning, který si získával stále více příznivců.

Po marném pokusu v roce 2001 prosadit na Valné hromadě ČHS ustavení komise canyoningu v rámci Českého horolezeckého svazu byla o 3 roky později v roce 2004 založena ve slovinském Bovci samostatná Česká asociace canyoningu (C.A.C.).